Как и любой другой мультфильм, "Спанч Боб" имеет своих отрицательных персонажей, главным среди которых является Шелдон Планктон. На первый взгляд Планктона трудно назвать злодеем: крохотное тельце, один глаз, четыре маленькие лапки и усы-антенны. Но, такая внешняя беззащитность совсем не мешает большущим амбициям по уничтожению всего мира и созданию нового во главе с собой. Планктон полон злобы и зависти и, во что бы то ни стало, пытается достичь своей цели путем обмана.
Главным врагом Планктона является Юджин Крабс. Хотя в одном из эпизодов рассказывается, что в школьные годы они были лучшими друзьями, пока не появилась секретная формула крабсбургера. Секретный рецепт сделал Крабса успешным бизнесменом и это постоянно не дает покоя Шелдону. Ему бы подошла простая, не пыльная it работа, но он все-таки решил добиться своего. Он даже построил свою закусочную «Помойное ведро», но, к его большому сожалению, она не пользуется популярностью среди жителей Бикини Боттом. Поэтому планктон бросил весь свой ум, решительность и неистощимую энергию на разработку планов по похищению секретной формулы. Сначала он пытается украсть рецепт крабсбургера, взяв под контроль мозг Губки Боба. Ему удается украсть крабсбургер, ну, а вот поместить его в, специально разработанный, анализатор нет, поскольку в него он попадает сам. Как и первая попытка похитить рецепт, все последующие попытки заканчиваются полным провалом.
Несмотря на весь негатив, который исходит от Планктона, Губка Боб относится к нему не однозначно и верит, что когда-нибудь он все же исправиться. Но, все же когда на кону находиться судьба Красти Крабс, Губка Боб борется со злодеем всеми силами, защищая от него секретную формулу.
